Để chuẩn bị cho việc đón trẻ đi học trở lại, trường MN Phú Tân kết hợp với Trạm y tế phường và Trung tâm y tế TP. TDM phun thuốc khử trùng toàn trường (2 lần). Bên cạnh đó, trường chủ động trong việc tổng dọn vệ sinh trường lớp, vệ sinh đồ dùng nhà bếp, trang thiết bị dạy học, đồ chơi, đồ dùng cá nhân của trẻ, giáo viên thường xuyên từng ngày. Nhà trường cũng đã trang bị máy đo thân nhiệt để kiểm tra thân nhiệt cho trẻ, cho CBGVNV  nhằm phát hiện trường hợp có dấu hiệu nghi ngờ nhiễm bệnh (sốt, ho, khó thở ...)